2026年10月15日時点の情報です

輸出をしている会社や、大きな設備投資をした会社は、消費税の申告で税金が戻ってくる（還付される）ことがあります。ところが、還付申告を出したとたんに税務署から連絡があり、書類の提出を求められたり、税務調査に入られたりすることがあります。「何も悪いことをしていないのに、なぜ？」と不安になる経営者の方も多いのではないでしょうか。

実は、消費税の還付申告は、国税庁が重点的にチェックしている分野です。過去に、取引をでっち上げて還付金をだまし取る事件が何度も起きているからです。

この記事では、

• 還付申告で税務調査が来る理由
• 実際に起きた不正還付事件と、調査で問題になった例
• 調査で見られるポイント
• きちんと経営している会社が、今からできる対策
• 税理士をどう使えばよいか

を、国税庁の公表資料をもとに整理します。

結論：還付申告は「確認されるのが前提」と考えて準備する

• 国税庁は、還付申告の内容に疑問があれば、還付金の支払いをいったん止めて（保留して）、書類の提出を求めたり、税務調査をしたりすると公表しています。
• 背景には、架空の輸出や架空の仕入れで還付金をだまし取る事件が毎年のように摘発されていることがあります。
• 調査で見られるのは、主に①本当に輸出したか、②仕入先は本物か、③お金は本当に動いたかの3点です。
• まじめな会社でも、書類がそろっていない・説明できないだけで還付が長く止まったり、否認されたりすることがあります。日ごろから「すぐ出せる状態」にしておくことが一番の対策です。

出典：国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」（2026年6月12日掲載）

1．そもそも、なぜ消費税が「戻ってくる」のか

消費税の納税額は、ざっくり言うと次の計算で決まります。

売上げで預かった消費税 － 仕入れや経費で支払った消費税 ＝ 納める消費税

輸出の売上げには消費税がかかりません（輸出免税）。一方で、輸出する商品を国内で仕入れたときには消費税を支払っています。そのため、輸出が中心の会社では、「支払った消費税」のほうが多くなり、差額が戻ってくることになります。

同じように、建物や機械などの大きな設備投資をした年も、支払った消費税が一時的に大きくなり、還付になることがあります。

還付は、法律に基づく正当な権利です。ただ、この仕組みは裏を返すと、「輸出したことにする」「仕入れたことにする」だけで、国からお金が振り込まれてしまう危険があるということです。だからこそ、国税当局は還付申告を慎重に確認しています。

出典：国税庁「タックスアンサーNo.6551 輸出取引の免税」、消費税法第52条（e-Gov法令検索）

2．還付申告で税務調査が来る理由

理由①　国税庁が「還付金をいったん止めて確認する」と明言している

国税庁は「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」という文書で、次のような方針を示しています（要旨）。

• 実際には取引をしていないのに、取引をしたように見せかけて、不正に還付を受けようとする事案が起きている。
• 不正でなくても、課税・非課税の区分の誤りや、固定資産を取得した時期の誤りも見られる。
• そのため、必要があれば還付金の支払いをいったん保留し、証拠書類の提出をお願いしたり、税務調査をしたりする。輸出が原因の還付なら輸出許可通知書やインボイス（商業送り状）の写し、設備投資なら契約書や請求書の写し、そのほか取引の実態がわかる資料を求める。
• 取引先と連絡が取れない、お金のやり取りが確認できない、輸出の書類がきちんと保管されていない、といった場合は、確認に時間がかかり、保留が長期にわたることがある。
• 特に金（ゴールド）の輸出で出所がはっきりしない場合は、保留が特に長くなることがある。
• 確認の結果、問題がないとわかれば、遅滞なく還付する。

法令上も、税務署は還付を「遅滞なく」行うのが原則ですが、還付額が過大だと認められる事情がある場合は例外とされています。還付の保留は、この例外にもとづく対応です。

出典：国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」、国税通則法第56条、消費税法施行令第64条（e-Gov法令検索）

理由②　数字で見ても、還付申告は重点的に調査されている

国税庁の公表資料によると、令和6事務年度（2024年7月〜2025年6月）の状況は次のとおりです。

法人では、調査した還付申告法人の6割ほどで何らかの誤りが見つかっている計算になります。国税庁は「消費税還付申告法人」を、海外取引法人などと並ぶ重点課題と位置づけています。

出典：国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」7ページ・別表4（17ページ）、国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」9ページ

理由③　申告書と一緒に「詳しい明細」を出している

還付申告をするときは、申告書に「消費税の還付申告に関する明細書」を添付しなければなりません。法人用の明細書には、次のような内容を書きます。

• 還付になった主な理由（輸出、設備投資など）
• 主な輸出取引の明細（上位10件）：取引先、商品、利用した税関、主な取引銀行、主な通関業者
• 主な仕入れ・固定資産の取得の明細（取引先や金額）
• その期の特殊な事情

つまり税務署は、還付申告が出た時点で、取引先・銀行・通関業者まで把握できるということです。明細書の内容と、税務署が持っているほかの情報とが合わないと、確認の対象になりやすくなります。

出典：国税庁「「消費税の還付申告に関する明細書（法人用）」の記載要領」、消費税法施行規則第22条第3項（e-Gov法令検索）

理由④　「初めての還付」と「毎回の還付」は選ばれやすい

税務調査の実務解説書では、消費税の調査対象に選ばれやすい事業者として、次のようなタイプが挙げられています。

• 初めて還付申告をした事業者（いったん納税に転じた後、また還付になった事業者を含む）
• 毎回のように還付申告をしている事業者で、前回の調査から3年ほどたっているもの

また、法人税の面では調査の必要性が低くても、還付申告をしていると、消費税に絞った短期間の調査の対象になることがあると説明されています。輸出業者は毎期還付になることが多いので、「数年に一度は確認が来るもの」と考えておくのが現実的です。

3．過去に起きた事件・問題になった例

刑事事件になった不正還付（査察）

悪質な脱税は、国税局の査察部（いわゆる「マルサ」）が調査し、検察庁に告発します。国税庁の「査察の概要」には、消費税の不正還付事件が毎年紹介されています。

令和6年度の資料では、実際には輸出をしていないのに架空の輸出売上げと仕入れを計上して還付を受けた人に、懲役2年6月の実刑判決が出たことも紹介されています。国税庁は消費税の不正還付を「いわば国庫金の詐取」と表現しており、厳しく対応する姿勢を示しています。

出典：国税庁「令和6年度 査察の概要」2ページ・6ページ、国税庁「令和7年度 査察の概要」3〜4ページ

通関業者の情報から発覚した例

国税庁の調査事績の資料では、こんな例が紹介されています。

• ある会社が「高級品の指輪を輸出した」として還付を受けようとした。
• ところが通関業者が、輸出貨物の中身が書類と違う（指輪ではなくゴミ同然の模造品だった）ことに気づき、税務署に情報提供した。
• 税務調査の結果、仕入先と口裏を合わせた架空の仕入れが判明し、約4千万円の消費税が追徴された。

税務署は、申告書だけでなく、通関業者などの外部からの情報も使って確認していることがわかります。

出典：国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」7ページ

まじめな会社でも問題になりうる例

不正をしていなくても、書類や取引の形によっては、調査で否認（還付を認めない判断）を受けることがあります。税務の専門誌では、最近の例として次のようなケースが報じられています。

• 仕入先の記載が事実と違った：帳簿や領収書に書かれた仕入先の住所・氏名が実在しない、仕入れた日に相手が日本にいなかった、などの理由で仕入れの消費税の控除が否認される例が、輸出取引で相次いでいる。中古品の買取りで、法令上の本人確認をしていたのに控除が認められなかった判断もある。
• 輸出許可書の仕向地が実際と違った：書類上の仕向地と実際の荷下ろし地が違ったことで、輸出免税を否認すると指摘された例がある（結論は出ていない）。
• 代金の振込人が取引先と違った：海外から送金を受けていても、振込名義が取引相手と違うことで、両者の関係や代金の回収状況の説明を求められた例がある。
• 買付代行が「仕入れ」と認められなかった：海外の会社のために国内で商品を買い付けて輸出していた会社が、「仕入れの当事者ではなく代行者にすぎない」として、仕入れの消費税の控除を否認された例がある（輸出免税の否認は不服申立てで取り消された）。

一方で、輸出許可書・インボイス・帳簿の金額がきちんと一致していたことなどから、税務署の処分が不服申立てで全部取り消された例も報じられています。書類を整えておくことは、身を守る手段にもなります。

4．税務調査で見られるポイント

国税庁の公表資料と、これまでの事例をまとめると、還付申告の調査で確認される点は大きく次の4つです。

ポイント①　本当に輸出したか

• 税関の輸出許可書（輸出許可通知書）が保存されているか。書類がなければ、実際に輸出していても輸出免税は受けられません。
• 輸出許可書・インボイス・帳簿の品名・数量・金額・仕向地が一致しているか。
• 郵便（EMSなど）で送った場合は、郵便局の引受けを証する書類と発送伝票の控えがあるか。
• 2026年10月1日以後、代金を現金などで受け取った輸出は、輸出先の国の輸入許可書なども保存しているか。

輸出の証明書類は、その期の末日の翌日から2か月たった日から7年間保存する必要があります。

出典：国税庁「タックスアンサーNo.6551 輸出取引の免税」、消費税法施行規則第5条（e-Gov法令検索）

ポイント②　仕入先は本物か

• 帳簿や請求書に、真実の仕入先の名前・住所が書かれているか。
• インボイス（適格請求書）を受け取っているか。個人などから中古品を買い取る場合は、特例の要件どおりに帳簿を書いているか。
• 外国人旅行者が免税店で買った品物（免税購入品）と知りながら仕入れていないか。2024年4月以後、この仕入れは消費税の控除が認められません。

出典：国税庁「免税購入品と知りながら行った課税仕入れに係る仕入税額控除の制限」、消費税法第30条第12項（e-Gov法令検索）

ポイント③　お金は本当に動いたか

• 売上代金が取引相手本人から、銀行振込などで入金されているか。
• 仕入代金を、帳簿どおりの相手に支払っているか（現金払いが多いと確認しにくくなります）。

国税庁は、お金のやり取りが確認できない場合は保留が長引くことがあるとしています。

ポイント④　区分や時期は正しいか

• 課税・非課税・免税の区分を間違えていないか。
• 設備投資の場合、固定資産を取得した時期（引渡しを受けた日）が正しいか。

国税庁は、不正でなくても、こうした誤りが還付申告に見られると指摘しています。

出典：国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」

5．きちんと経営している会社が今からできる対策

ここからは、上の公表資料や事例をふまえた、実務上の対策です。※筆者が実務の観点から整理したもので、国税庁の資料にそのまま書かれているものではありません。

対策1　1件の取引を「ひとまとめ」で保存する

輸出1件ごとに、契約書（注文書）→ 仕入れの請求書 → 輸出許可書 → インボイス → 入金記録を、同じ番号でひもづけて保存しておきます。税務署から「この取引の資料を出してください」と言われたときに、すぐにそろえて出せる状態が理想です。国税庁が求める「取引の実態がわかる資料」にあたるのは、まさにこの一式です。

対策2　仕入先・取引先の確認を「記録に残す」

• 新しい仕入先とは、登記簿や本人確認書類、インボイス登録番号を確認し、その記録を保存する。
• 中古品の買取りでは、身分証明書の確認を厳格に行う。免税品の疑いがある品物（免税用の包装がある、同じ物を大量に持ち込む等）は買い取らない。
• 海外の取引先についても、会社の実在や連絡先を確認しておく。国税庁は「取引先と連絡が取れない」場合に保留が長引くとしています。

対策3　お金の流れを銀行に残す

• 売上代金は、取引相手本人からの銀行振込で受け取る。第三者や決済代行業者を通す場合は、その理由と関係がわかる契約書などを残す。
• 仕入代金も、できるだけ相手の口座への振込で支払う。
• 2026年10月1日以後は、現金で受け取ると、輸出先の国の輸入許可書などがないと輸出免税が受けられません。

対策4　「初めての還付」「金額が急に増えた還付」の前に準備する

新しく輸出を始めた、設備投資をした、取引の形を変えた（代行・名義貸し・第三者経由の決済など）というときは、申告の前に、還付になる理由を説明できる資料をそろえておきます。明細書の「当課税期間中の特殊事情」の欄も、具体的に書いておくと説明の助けになります。

対策5　税務署から連絡が来たら、早く・そろえて出す

保留中の書類提出のお願いは、行政指導として行われることがあります。税務署の担当者は、それが「調査」なのか「行政指導」なのかを最初に伝えることになっています。どちらであっても、求められた書類を早くそろえて出すことが、還付を早める一番の近道です。

出典：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」問2、国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」

6．税理士の上手な使い方

還付申告では、税理士を「申告書を作る人」としてだけでなく、税務署との窓口・事前チェック役として使うと効果的です。

①申告前に「税務署の目線」でチェックしてもらう

還付申告の前に、税理士に輸出許可書・インボイス・帳簿の一致や、仕入先の記載、取引の形（自社が本当に仕入れて売っているか）を確認してもらいます。問題があれば、申告前なら直せます。※実務上の使い方の例です。

②税務署からの連絡の窓口になってもらう

税務代理を頼んでいる税理士がいる場合、所定の手続をしておけば、調査の事前通知や調査結果の説明を、会社ではなく税理士に対して行ってもらうことができます。税務署とのやり取りに慣れた専門家が間に入ることで、必要な資料を整理して出しやすくなります。

出典：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」問14・問15・問27

③修正申告に応じる前に相談する

調査の後、税務署から修正申告をすすめられることがあります。修正申告をすると、あとで「更正の請求」はできても、不服申立てはできません。納得できない指摘がある場合は、その場で応じずに、税理士と内容を確認してから判断しましょう。

税務署の処分（更正）に不服がある場合は、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、税務署への「再調査の請求」か、国税不服審判所への「審査請求」ができます。期限があるので、早めの相談が大切です。

出典：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」問25・問26、国税庁「タックスアンサーNo.7200 税務署長等の処分に不服があるときの不服申立手続」

④会社の設立時・届出の段階から相談する

設立したばかりの会社は、原則として消費税の免税事業者で、そのままでは還付を受けられません。還付を受けるには「消費税課税事業者選択届出書」を出す必要があり、事業を始めた期は、その期の末日までに出せばその期から適用されます。いったん選ぶと原則2年間はやめられず、その間に100万円以上の設備などを買うと3年に延びるなどのルールもあります。届出の出し忘れは後から取り返しがつかないことが多いので、設立の段階から税理士に相談しておくと安心です。

出典：国税庁「タックスアンサーNo.6531 新規開業又は法人の新規設立のとき」

7．還付が遅れているときの参考情報

• 還付が遅れた場合、還付金には還付加算金（利息に相当するもの）が付きます。期限内に申告した場合は、申告期限の翌日から計算されます。2026年の割合は年1.3%です。
• ただし、還付加算金があるからといって、書類を出さずに待っていても還付は早まりません。資料をそろえて提出するのが先決です。

出典：消費税法第52条第2項、租税特別措置法第95条（e-Gov法令検索）、国税庁「延滞税の割合」（還付加算金の割合）

チェックリスト：還付申告の前に確認したいこと

• □ 輸出1件ごとに、輸出許可書・インボイス・帳簿の品名・数量・金額・仕向地が一致している
• □ 輸出の証明書類を7年間保存する体制がある（電子データも含む）
• □ 仕入先の名前・住所は真実のもので、確認した記録が残っている
• □ インボイス、または特例の要件を満たす帳簿の記載がある
• □ 免税店で免税購入された品物を、それと知りながら仕入れていない
• □ 売上代金は取引相手本人から銀行経由で受け取っている（現金なら輸入許可書等を保存）
• □ 設備投資は、取得（引渡し）の時期と金額を契約書・請求書で説明できる
• □ 還付になった理由を、明細書と資料で説明できる
• □ 税務署から連絡が来たときの窓口（担当者・税理士）を決めている

まとめ

• 消費税の還付申告は、国税庁が重点的に確認している分野です。疑問があれば還付を保留し、書類の提出や調査で確認されます。
• 背景には、架空の輸出・架空の仕入れによる不正還付事件が毎年摘発されていることがあります。
• 調査で見られるのは、輸出の事実、仕入先の真実性、お金の流れ、区分や時期です。
• まじめな会社でも、書類がそろっていないと還付が長く止まります。1件ごとに書類をひもづけて保存し、すぐ出せる状態にしておきましょう。
• 税理士は、申告前のチェック、税務署との窓口、修正申告や不服申立ての判断、設立時の届出まで、幅広く活用できます。

参考資料

• 国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」
• 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月）
• 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月）
• 国税庁「令和6年度 査察の概要」「令和7年度 査察の概要」
• 国税庁「「消費税の還付申告に関する明細書（法人用）」の記載要領」
• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」
• 国税庁「タックスアンサーNo.6551」「No.6531」「No.7200」
• 国税庁「免税購入品と知りながら行った課税仕入れに係る仕入税額控除の制限」
• 消費税法第7条・第30条・第52条、消費税法施行令第64条、消費税法施行規則第5条・第22条、国税通則法第56条、租税特別措置法第95条（e-Gov法令検索）

本記事は2026年10月15日時点の国税庁の公表資料等にもとづく一般的な解説です。個別の取引の取扱いについては、税理士または所轄の税務署にご相談ください。

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